1993년 9월 13일 국가안전기획부는 반핵평화 운동연합 정책위원 김삼석 씨와 김씨와 여동생 김은주 씨를 국가보안법상 반국가단체회합·통신·혐의로 구속했다. 안기부에 따르면 김씨는 1992년 1월 누이 동생과 함께 일본으로 건너가 1974년 울릉도 거점 간첩단 사건의 재일 총책이던 북한 간첩 이좌영 등에게 포섭되어 국내 정세와 재야 운동권 실태 등을 보고하는 등 모두 세 차례에 걸쳐 일본을 오가며 공작금 60만 엔을 받고 국내에서 간첩 활동을 해왔다는 것이다.

?貧だ 영장도 없이 체포되어 이틀 동안이나 행방을 모른 채 잡혀가 수사과정에서 구타 등의 가혹 행위와 성적 모욕을 당하며 허위 자백을 강요받았다. 이 사건은 본인들이 혐의를 극력 부인하고 고문을 주장하면서 조작 시비에 휘말렸다.

이 사건은 안기부가 1993년 9월 국가안전기획부법 개정안 상정으로 권한과 위상이 대폭 축소되자 존재 의의를 부각시키기 위해 조작한 간첩 사건으로 분석된다.

1995년 10월 24일 충남 부여에서 군·경이 남파 간첩 김동식, 박광남(가명)과 총격전을 벌인 끝에 박광남을 사살하고 김동식을 생포한 ‘부여침투 무장간첩사건’이 발생했다. 김동식은 신문 과정에서 재야 인사 7명을 포섭하고, 이미 포섭된 박충렬(당시 전국연합 사무차장), 김태년(당시 성남미래준비위원회 위원장)에게 무전기를 전달하는 임무를 띠고 왔다고 진술하였다.

이에 따라 함운경, 우상호, 이인영, 허인회 등 학생 운동권 출신으로 각계에서 왕성하게 활동하던 4명을 간첩 김동식(본명 이승철)을 만났음에도 신고를 하지 않았다면 국가보안법상의 불고지 혐의로 구속하였다. 뒤이어 박충렬 씨와 김태년 씨를 비롯한 50여 명의 재야 인사에 대한 대대적인 검거 선풍이 계속되었다. 수사 과정에서 증거도 없이 오직 김동식의 진술에만 의거해 재야 인사들을 구속한 뒤 혐의를 입증하지 못하자 다른 사건에 연관시켜 무리하게 기소하였고, 김동식의 기자 회견 형식으로 박충렬 씨 등의 혐의를 텔레비젼으로 중계함으로써 인권을 심각하게 침해했다는 비난을 받았다. 결국 이 사건은 1996년 4월 총선을 앞두고 재야 세력의 정치권을 진출을 차단하고 보수층의 안정 심리를 자극하려는 정치적 계산에서 만들어진 안기부의 정치 공작의 일환으로 볼 수 있다.